A UNIRIO foi criada em 5 de junho de 1979, pela Lei 6.655. Sua origem é a Federação das Escolas Federais Isoladas do Estado da Guanabara - FEFIEG que, posteriormente, com a fusão dos estados da Guanabara e do Rio de Janeiro, denominou-se FEFIERJ. Inicialmente, era composta pelas Escolas de Arquivologia; Biblioteconomia; Ciências Biológicas; Enfermagem; Medicina e Cirurgia; Museologia; Música; Nutrição e Teatro. Hoje em dia, a UNIRIO compreende os Centros de Ciências Biológicas e da Saúde; o Centro de Letras e Artes; o Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas e o Centro de Ciências Humanas e Sociais, cuja estrutura congrega Departamentos, Núcleos de Estudos, Laboratórios e as Escolas de Arquivologia, Biblioteconomia, Museologia, Educação, Direito, História e Turismo.

Em relação à Pós-Graduação, a UNIRIO consolidou Programas tendo, como objetivo, a formação de pessoal qualificado para o exercício das atividades de pesquisa e de magistério superior, nos campos das ciências, da filosofia e das artes. Atualmente, conta com os seguintes Programas: Alimentos e Nutrição, Artes Cênicas, Biblioteconomia, Ciências Biológicas, Direito, Enfermagem, Enfermagem e Biociências, Educação, Genética e Biologia Molecular, Gestão de Documentos e Arquivos, História, Informática, Matemática, Medicina, Memória Social, Museologia e Patrimônio, Música e Neurologia.

No campo da Educação, o Curso de Licenciatura em Pedagogia foi criado em 1986 e reconhecido pelo Ministério da Educação, por meio da portaria n° 1.810, de 27 de dezembro de 1994.

Em 2003, a partir de articulação já existente entre os projetos de extensão e de pesquisa, bem como do trabalho desenvolvido em seu curso de graduação, os professores da Escola de Educação reuniram-se, tendo como meta a elaboração do Programa de Pós-Graduação em Educação da UNIRIO, recomendado pela CAPES, em março de 2004.

Em 2013, o Programa apresentou o APCN para a criação do curso de doutorado, que teve sua aprovação pela CAPES, dando-se início a primeira turma em Março de 2015.